Село Ягодина се намира в планински район. То е разположено в Западните Родопи. В землището на селото попада част от Буйновското ждрело и част от Триградското ждрело. Селото е известно с Ягодинската пещера, която се намира на близо. 700 метра над селото се издига гористият връх Дурдага, висок 1693 метра.